A partir de los estudios previos de caracterización se llega a conocer con bastante precisión el material sobre el cual se va a intervenir. A continuación, tanto en laboratorio como in situ, se realizan aquellos ensayos que permiten determinar los métodos de limpieza más adecuados, atendiendo a la naturaleza y estado del soporte. Del mismo modo, se estudian productos que eliminan y frenan el desarrollo de los fenómenos de biodeterioro (biocidas). Esta serie de pruebas permiten seleccionar la metodología de limpieza más adecuada para cada tipo de soporte.

Los métodos de limpieza se clasifican según el principio o técnica usada. Aquellos que inciden de una manera directa sobre los materiales se denominan métodos manuales o mecánicos. El sistema más delicado sería “rascar” la suciedad depositada en superficie, usando instrumentos manuales como bisturíes, espátulas o cepillos.

En situaciones extremas se emplean lijadoras, abujardadoras e incluso radiales. En este caso, más que limpiar lo que se hace es eliminar la superficie alterada o sucia.

Los métodos húmedos, en general, están basados en la acción del agua como disolvente.

Cuando esta agua se proyecta a presiones controladas, a la acción disolvente se une una actuación mecánica que por desgaste elimina los depósitos superficiales.

Dependiendo del modo de aplicación y de la presión de ejecución, puede decirse que estos métodos húmedos son fáciles de controlar y dependiendo de la suciedad pueden ser bastante rápidos. Sin embargo, la cantidad de agua que hay que emplear en algunos casos, puede causar daños importantes en soportes muy porosos o muy deteriorados. Incluso puede favorecer el movimiento de sales hacia el interior de los materiales, a través del sistema poroso.

Si la proyección de agua va acompañada del uso de abrasivos, la metodología de limpieza se denomina proyección en húmedo de abrasivos. Tiene como ventaja que, al lanzar el polvo en húmedo, este cae por gravedad y no contamina el ambiente y, al ser proyectado con  agua, minimiza el daño en el soporte.

Cualquier material abrasivo puede ser proyectado sobre las superficies para la eliminación de los elementos más adheridos (costras), sin embargo, no todos los materiales son seleccionables para su utilización en la limpieza de materiales delicados. La proyección en seco está basada en la acción abrasiva de las finas partículas proyectadas a presión sobre la superficie.

Como abrasivos pueden emplearse: arena, polvo de cuarzo de distintas granulometrias (sílice), microesferas de óxido de aluminio, vidrio triturado, microesferas de vidrio, vidrio micronizado, harina de piedra, cáscaras de frutos secos, serrín, etc.

La limpieza química se basa en la aplicación de un limpiador químico con posterior cepillado y enjuagado. La incorporación de estos productos obliga a que después de su uso se emplee agua en abundancia para su eliminación.

Con el fin de acelerar el proceso de limpieza se emplean productos formulados a partir de soluciones ácidas y alcalinas fuertes, disolvente orgánicos, decapantes, resinas de intercambio iónico, apósitos absorbentes y arcillas especiales, etc.

Métodos de limpieza especiales basados en procesos de fotoablación y en la aplicación de látex impregnado con distintos productos químicos de limpieza (papeta industrial) son igualmente ensayados con el objetivo de seleccionar la metodología de limpieza más adecuada.